Enrique Castro

Paquete ofimático libre y de fuente abierta. Incluye procesador de texto, hoja de cálculo, presentaciones con diapositivas, dibujo vectorial y editor de fórmulas matemáticas. Es completamente compatible con MS Office, pero más fácil de usar y en ocasiones más potente. Incluye un gestor de bibliografía integrado.
Este paquete de programas permite realizar cualquier tarea ofimática que  sea menester completar durante tu carrera, y aún después.
Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

Utilidad para crear documentos PDF. Instala un controlador de impresora virtual, con lo que podrás crear documentso PDF desde cualquier aplicación que tenga salida por impresora.
Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

Es un compresor y descompresor de ficheros. Te permitirá abrir los ficheros comprimidos *.zip y muchos otros (trabaja con formatos 7z, ZIP, CAB, RAR, ARJ, GZIP, BZIP2, TAR, CPIO, RPM y DEB).
Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

QtiPlot es una aplicación para el análisis de datos y gráficos científicos. Es muy parecido al programa comercial (y muy caro) Origin, de OriginLabs. Proporciona herramientas plara el ploteado 2D y 3D y gráficos polares así como herarmientas para el ajuste de curvas (no lineal).
Tiene licencia GPL de código abierto, pero los binarios son de pago. Puede descargarse una copia legal gratis compilada por  usuarios.

Es un derivado de QtiPlot, para ploteado científico de datos pero poniendo más énfasis en la facilidad de uso. Genera gráficos XY, de barras, de porciones y de superficie. Existen plugins para actuar como GUI del paquete estadístico R. Existe un binario compilado para Windows.
Tiene una licencia GPL de libre utilización y redistribución, con fuente abierta.

Esta es una aplicación para el análisis estadístico de datos. Permite realizar pruebas paramétricas ( t de Student, F) y no-paramétricas de una (Wilcoxon t, Rank Sums, Mann-Whitney U, Kolmogorov-Smirnov) y dos muestras (Pearsons, Spearmans, Kendalls Tau), así como análisis de la varianza (ANOVA). Está escrito en Python y tiene una interfaz gráfica en wxPython. Es completamente multiplataforma y se distribuye con licencia GPL de código abierto. 

Programa de dibujo de estructuras y fórmulas químicas, es simple, con un buen interfaz, una amplia colección de plantillas prediseñadas y buena integración con Windows. Es el sucesor de IsisDraw y Symyx Draw.
Propiedad ahora de Accelrys.
Es código propietario de licencia gratuita para uso personal y académico, pero no redistribuible.  

Programa de dibujo de estructuras y fórmulas químicas, parecido a Isis Draw. Es más potente en algunos aspectos, pero más complicado en otros. Incluye un módulo para visualización de estructuras 3D. Existe un módulo para escribir macros en ChemBasic.
Propiedad de ACD/Labs. Es de licencia gratuita para uso personal y académico, pero no redistribuible. 

Programa de dibujo de estructuras y fórmulas químicas, con licencia GPL. Código abiero y libremenet distribuible. Tiene un interfaz similar a ISIS/Draw, con plantillas de estructuras predispuestas. Es multiplataforma (Windows y Unix). Se distribuye con licencia GPL de código abierto y libre copia.

Es un programa de dibujo de estructuras químicas 2D para Windows. Tiene una amplia colección de plantillas de alcaloides, antibióticos, antitumorales y otros compuestos orgánicos. Es fundamentalmente un programa de dibujo, aunque también permite presentar espectros y hacer gráficos simples de datos. Es un programa de libre distribución y copia, pero no de código abierto. 

Programa para visualización interactiva en 3D de estructuras moleculares.  Es  la base de donde derivan la mayoría de los visualizadores 3D.
Licencia GPL de código abierto 

Es un interfaz gráfico que permite un manejo más intutivo de Rasmol con el ratón, bajo Windows. Añade una barra de menús y herramientas gráficas a rasmol.
Licencia GPL de código abierto 

Es un conector (plugin) para navegador, que permite visualizar en el mismo estructuras 3D, con toda una serie de opciones para rotación, forma de representación, medida de ándulos y distancias etc. Similar a Jmol, pero más antiguo. Está obsoleto y va siendo eliminado.
Este plugin es necesario para poder visualizar el tutorial de Proteínas G del BioRom. Se puede conseguir e instalar a partir del BioRom.

KiNG es un programa para crear y visualizar Kinemages, estructuras didácticas que combinan imágenes, animaciones y una guía de texto.

Programa para leer, visualizar, analizar y dibujar secuencias (DNA, RNA, también proteínas). Permite alinear secuencias, buscar sitios de restricción, traducir secuencias de DNA a proteína etc. Dibuja diagramas de plásmidos. Permite trazar gráficos de hidrofobicidad de proteínas, representaciones helicoidales y predicción de propiedades físicas. Es un programa de código propietario pero de libre distribución (freeware).

Es también una aplicación para el análisis de secuencias como BioEdit, aunque orientado fundamentalmentw a alineamiento y análisis de secuencias de nucleótidos. Tiene integrados accesos a varias bases de datos. Permite Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

Aunque su nombre sugiere tan sólo su capacidad de dibujar plásmidos (lo que hace muy bien), es una aplicación general de análisis (pero no alineamiento de secuencias). Incluye herramientas para predecir la temperatura de fusión de híbridos y primers. Permite presentar gráficamente los resultados de una separación electroforética de fragmentso de resticcción. Es también freeware ("beerware" según su autor).

Programa para el análisis de secuencias de proteínas y predicción de sus propiedades (estructura secundaria, plots de hidropatía según variso modeleos, topología transmembrana etc). Permite calcular las propiededes físicas de la proteína, incluyendo la curva de titulación y el punto isoeléctrico pI. Es de libre distribución en la comunidad académica. Los algoritmos que utiliza están bien documentados y con referencias a la literatura científica.